Nowelizacja ustawy z dnia 18 maja 2005r. o zmianie ustawy - Prawo ochrony środowiska oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. z 2005r. Nr 113, poz. 954) wprowadziła zmiany w postępowaniu w sprawie oceny oddziaływania na środowisko dla planowanych przedsięwzięć innych niż określone w art. 51 ust. 1 pkt. 1 i 2 ww. ustawy, które nie są bezpośrednio związane z ochroną obszaru Natura 2000 lub nie wynikają z tej ochrony, jeżeli mogą one znacząco oddziaływać na ten obszar.
Sieć Natura 2000 to sposób na wypełnienie zobowiązań Unii Europejskiej, nałożonych przez Konwencję z Rio. Podstawę prawną stanowią 2 akty prawne, tzw. Dyrektywa Ptasia i Dyrektywa Siedliskowa, które przewidują stworzenie systemu obszarów, połączonych korytarzami ekologicznymi, tworzących razem spójną funkcjonalnie sieć ekologiczną. Jej zadaniem będzie przede wszystkim utrzymanie różnorodności biologicznej przez ochronę najcenniejszych, najrzadszych elementów przyrody, jak również powszechnych układów przyrodniczych, charakterystycznych dla regionów biogeograficznych. Zasięg sieci powinien być proporcjonalny do zasobów krajowych, natomiast wybór sposobu ochrony elementów sieci, poprzez zachowanie przedmiotu ochrony we właściwym stanie, pozostawiono danemu państwu.
Dyrektywa Ptasia ma na celu ochronę gatunków ptaków, gospodarowanie nimi i regulowanie ich liczebności. Podaje listę gatunków ptaków rzadkich lub zagrożonych wyginięciem z powodu zmian zachodzących w ich siedliskach. Siedliska te muszą być chronione po to, by umożliwić zagrożonym gatunkom przetrwanie i rozród. W Polsce występuje 267 gatunków ptaków z Dyrektywy Ptasiej i dla nich powinny powstać obszary OSO, na których zapewni się ochronę tych gatunków i ich siedlisk. Natomiast Dyrektywa Siedliskowa ma na celu zapewnienie różnorodności biologicznej przez ochronę siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej fauny i flory na europejskim terytorium państw członkowskich. W Polsce występuje ich 76, wśród których wyróżnia się 13 tzw. priorytetowych rodzajów siedlisk (zagrożonych całkowitym zanikiem) oraz 44 gatunki roślin i 88 gatunków zwierząt z II załącznika Dyrektywy Siedliskowej. Przesłana do Komisji Europejskiej lista obszarów Natura 2000 zawiera propozycje utworzenia w Polsce 72 obszarów specjalnej ochrony ptaków i 184 obszary specjalnej ochrony siedlisk, wśród których znajduje się Biedrusko oraz Fortyfikacje położone na terenie miasta Poznania.
Na szczeblu wojewódzkim obszary Natura 2000 podlegać będą wojewodzie. W jego kompetencjach będzie ustalanie zakresu, miejsca, terminu i sposobu wykonania.
W ramach sieci Natura 2000 główny nacisk kładzie się na problemy ochrony przyrody, z uwzględnieniem gospodarki prowadzonej w regionie. Ochrona przyrody na obszarach Natura 2000 polega na rozwijaniu umiejętności współistnienia z przyrodą i szukaniu kompromisów między potrzebami ekonomicznymi i rekreacyjnymi a wymogami utrzymania niezakłóconych układów przyrodniczych. Dla każdego z obszarów zostanie opracowany plan ochrony w postaci odrębnego dokumentu zawierającego zalecenia ochronne uzależnione od typu siedliska i dostosowane do specyfiki poszczególnych siedlisk. Założono, że ograniczenia gospodarcze dotyczyć będą raczej nowych inwestycji i znaczącej intensyfikacji gospodarki. W przypadku wszelkich nowych projektów, np. budowy autostrady, konieczne będzie przeprowadzenie ocen oddziaływania na środowisko pod kątem wpływu inwestycji na obiekty chronione na mocy Dyrektywy Siedliskowej, zarówno w odniesieniu do inwestycji zlokalizowanych w obszarze Natura 2000, jak i bezpośrednim sąsiedztwie tego obszaru.
Ograniczenia w gospodarce będą wynikać ze specyfiki chronionych siedlisk. Niektóre siedliska, jeśli ich stan zachowania jest właściwy, nie będą wymagały podejmowania żadnych działań ochronnych, a działalność ludzka będzie dla nich szkodliwa tylko wówczas, gdy prowadzona będzie zbyt intensywnie (w przypadku torfowisk wysokich, jezior oligotroficznych). Ograniczenia w gospodarowaniu polegać będą na zakazie mechanicznego niszczenia tych siedlisk. Odmiennie wygląda sytuacja w przypadku wszelkich rodzajów łąk, muraw itp. Ograniczenia gospodarcze dotyczyć będą wówczas nadmiernej intensyfikacji produkcji rolnej, polegającej na podsiewaniu plennych gatunków traw, nawożeniu mineralnym na dużą skalę, jak i zaprzestania użytkowania.
Szczególne miejsce w obszarach Natura 2000 zajmuje turystyka. Konieczne będzie szukanie kompromisu pomiędzy wzrastającymi wymaganiami turystów a ograniczeniami wynikającymi ze wskazań ochrony przyrody. Wyznaczenie obszaru Natura 2000 to ogromna promocja regionu, nowe miejsca pracy, a stworzona infrastruktura wykorzystywana przez mieszkańców przez cały rok wpłynie na poprawę warunków ich życia. Wyznaczenie obszaru Natura 2000 oraz nadanie mu europejskiej rangi wśród obszarów chronionych daje podstawy do ubiegania się o dodatkowe fundusze.