Jedną z najważniejszych polityk horyzontalnych Unii Europejskiej jest ochrona środowiska naturalnego. Unijne prawodawstwo wprowadza również dla Polski restrykcyjne normy dotyczące m.in. redukcji emisji zanieczyszczeń powietrza, oczyszczania ścieków i zagospodarowania odpadów komunalnych i przemysłowych. Musimy dostosować się do unijnych norm ochrony środowiska, a przecież finansowanie działań związanych z ochroną środowiska jest bardzo kosztowne. Dlatego tak ważna jest pomoc z unijnych funduszy. Na lata 2004-2006 Polska wynegocjowała na ochronę środowiska środki rzędu 2,5 mld euro. Wykorzystanie tej kwoty zależy od ilości i jakości składanych projektów. Władze samorządowe mogą starać się o wsparcie ze środków Funduszu Spójności oraz z funduszy strukturalnych, głównie z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego (ERDF), natomiast przedsiębiorcy - wyłącznie z funduszy strukturalnych.
Najwięcej środków w sektorze ochrony środowiska Polska otrzyma w ramach Funduszu Spójności. Środki te umożliwią samorządom realizację dużych przedsięwzięć o znaczeniu ogólnokrajowym bądź regionalnym, o wartości ponad 10 milionów euro. Samorządy planujące mniejsze inwestycje mogą liczyć na dofinansowanie z funduszy strukturalnych.